فك التشفير من قبل الحلفاء
كان لدى الأميرال نيميتز ميزة واحدة لا تقدر بثمن: تمكن مختصوا فك الشفرة من كسر شفرة البحرية اليابانية جي-ان-25.[42] منذ بدايات ربيع 1942، كانت الولايات المتحدة تعترض رسائل مشفرة مفادها أنه سيكون هناك قريبا عملية في الهدف "إي اف". تمكن القائد جوزيف جي روكيفرت وفريقه في المحطة هايبو من التأكد من أن ميدواي هي هدف اليابانيين، وذلك بإيعازهم للقاعدة في ميدواي بإرسال رسائل مغلوطة مفادها بأن محطة تصفية المياه في القاعدة تعطلت، وأن القاعدة تحتاج إلى مياه عذبة. بعدها اعترض اليابانون هذه الرسائل وبدأوا بسرعة بإرسال رسائل مفادها بأن "إي اف تنقصه المياه".[43] هايبو استطاعت أيضا بأن تحدد أن تاريخ الهجوم سيكون إما في 4 أو 5 يونيو، واستطاعت تزويد نيميتز بالخطة الكاملة للبحرية اليابانية في المعركة.[44] كانت مجهودات اليابان في تقديم كتاب شفرات جديد قد تأخرت، مما اعطى "هايبو" ايام حاسمة عديدة. وعلى الرغم من أن اليابانيون قاموا بالتعتيم قبل الهجوم إلا أن كل الشفرات المهمة قد تم فكها من قبل محللين قاعدة هايبو.[45]
ونتيجة لذلك، دخل الأمريكيون المعركة ولديهم خلفية جيدة عن نقاط قوة اليابانيين وأماكن تواجدهم وحجم قوتهم. علم نيميتز بأن اليابانيون قد اهملوا أفضليتهم العددية بتقسيم سفنهم إلى اربع مجموعات متباعدة بشكل كبير بحيث لا يمكن اي منها ان تساند الأخرى.[46] طبقا لحسابات نيميتز، فإن الطائرات الموجودة على متن ناقلاته الثلاث بالإضافة لتلك الموجودة على جزيرة ميدواي جعلت الولايات المتحدة في حالة تكافؤ مع ناقلات ياماموتو الأربع، يعود ذلك بشكل رئيسي إلى أن فرق الطائرات الأمريكية كانت أكبر حجما من مثيلاتها اليابانية. وعلى النقيض تماماً كان اليابانيون في في غفلة شبه تامة عن قوة وعتاد وتشكيلة خصمهم القتالية الحقيقية، حتى بعد بدء المعركة.