جميع حضارات العالم القديمة في بلاد ما بين النهرين (بدءا من سومر)، مصر القديمة وشبه القارة الهندية (بدءا من حضارة وادي السند)، والتي بدأت على طول وديان نهري دجلة والفرات والنيل ونهر السند على التوالي تطورت جميعها حول المحيط الهندي. اما الحضارات الحديثة نشأت في بلاد فارس (بداية مع حضارة عيلام) وفيما بعد في جنوب شرق آسيا (بدءا من مملكة فونان).

خلال أول سلالة مصرية (تقريبا 3000 قبل الميلاد) ،أتم إرسال البحارة لمياهها المحيطة مسافرين إلى بلاد بونت لتكون جزءا من الصومال حاليا. وتعود السفن جالبة الذهب والمُرّ. وقد كانت الرحلات البحرية التجارة قديما بين بلاد ما بين النهرين ووادي السند (تقريبا 2500 قبل الميلاد) على طول المحيط الهندي. دخل الفينيقيون في أواخر الألفية الثالثة ق م المنطقة، ولكن لم تستوطن.

المحيط الهندي يعتبر هادئا جدا وبالتالي مفتوحا للتجارة قبل المحيط الأطلسي أو المحيط الهادئ. الرياح الموسمية القوية تقود السفن بسهولة للغرب في وقت مبكر من هذا الموسم، ثم بعد الانتظار لبضعة أشهر تعود شرقا، وهذه تساعد الشعوب الاندونيسية لعبور المحيط الهندي لتستقر في مدغشقر.

كان إودوكسوس سزيكس أول يوناني يعبر المحيط الهندي في القرن الأول أو الثاني قبل الميلاد.هيبالوس يؤكد اكتشاف الطريق المباشر من شبه الجزيرة العربية إلى الهند خلال هذا الوقت. خلال القرنين الأول والثان من الميلاد تكثفت العلاقات التجارية بين روما مصر وممالك التاميل مثل شيراز، شولاس وباندياس في جنوب الهند.يصف المؤلف المجهول في كتابه الإبحار في البحر الأحمر أو الأرتيري (Periplus of the Erythraean Sea) الطرق والموانئ وتجارة البضائع على طول سواحل أفريقيا والهند في عام 70 ميلادي تقريبا.

من عام 1405 حتي 1433، قاد الأدميرال تشنغ خه أسطول كبير لأسرة مينج على عدة رحلات إلى المحيط الغربي (الاسم الصيني للمحيط الهندي) وقد وصلت إلى البلاد الساحلية لشرق أفريقيا.(انظر تشنغ خه للزيادة من المعلومات).

في عام 1497،دار المستكشف البرتغالي فاسكو دا جاما حول رأس الرجاء الصالح وأصبح أول أوروبي يبحر إلى الهند وبعد ذلك إلى الشرق الأقصى.كانت السفن الأوروبية مسلحة بمدافع ثقيلة فهيمنت بسرعة على التجارة. حاول البرتغال تحقيق تفوق من خلال إنشاء الحصون في المضائق الهامة والموانئ. سيطروا على التجارة واستكشفوا جميع سواحل أفريقيا والهند حتى منتصف القرن 17. في وقت لاحق تحدى البرتغاليين قوات أخرى أوروبية. فقد وسعت شركة الهند الشرقية الهولندية عام (1602-1798) الرقابة على التجارة مع الشرق عبر المحيط الهندي.و أنشأت فرنسا وبريطانيا الشركات التجارية للمنطقة. أنشأت إسبانيا عملية التجارة الرئيسية في الفلبين والمحيط الهادئ. وبحلول عام 1815، أصبحت بريطانيا القوة الرئيسية في المحيط الهندي.

افتتاح قناة السويس عام 1869 أحيا الاهتمام الأوروبي في الشرق، ولكن لم تنجح أي دولة في تأسيس سيطرتها على التجارة. منذ الحرب العالمية الثانية اضطرت المملكة المتحدة للانسحاب من المنطقة، لتحل محلها الهند والاتحاد السوفياتي، والولايات المتحدة. وقد حاولت الأثنتين تأسيس هيمنتها عن طريق التفاوض لمواقع القواعد البحرية.البلدان النامية المطلة على المحيط تسعى إلى تحقيق "منطقة السلام"  بحيث أنها تستخدم ممراتها الملاحية بحرية، بالرغم من حفاظ كل من المملكة المتحدة والولايات المتحدة على القواعد العسكرية في جزيرة دييغو غارسيا في وسط المحيط الهندي.في 26 ديسمبر 2004، أصيبت الدول المحيطة بالمحيط الهندي من التسوناميالناجم عن زلزال المحيط الهندي عام 2004. وأسفرت الموجات العالية في وفات أكثر من 226,000 حالة وتشريد أكثر من 1 مليون شخص.